癌症的发生、进展、转移、治疗应答和耐药可能源于肿瘤细胞克隆中突变的不断累积。肿瘤细胞中的突变几千到几十万不等，然而大多数突变在癌症进展中没有实质性作用，通常被称为伴随突变，相反，少量突变是驱动突变，涉及肿瘤的发生和进展，部分驱动及相关的信号通路可能是“actionable”，即具有指导治疗和预后判断等价值。临床医生可以根据存在或不存在这些基因突变进行临床决策，如与结直肠癌中表皮生长因子受体抗体耐药相关的KRAS突变，与非小细胞肺癌相关的EML4-ALK融合等，肿瘤基因突变检测对指导肿瘤靶向治疗、免疫治疗、耐药监测及预后判断等方面都具有重要意义。
二代测序（NGS）是临床肿瘤基因检测常见检测技术，但是动辄几十上百页的基因检测报告，里面充满形色的专业医学术语和生物信息学描述，对没有任何医学/生物学基础的患者来说犹如“天书”。作为基因检测的结论，临床基因检测报告是其在临床应用的重要依据，如何正确理解NGS报告的逻辑结构、抓取关键信息并综合分析，以实际指导临床决策, 决定了NGS检测能否为肿瘤患者带来真实的临床获益。
今天小编就和大家分享一下，如何读懂一份基因检测报告。
在正式阅读之前我们先了解一份基因检测报告的组成。尽管基因检测方法多样，但基因检测报告主要原则是一致的，即应符合《临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》和《临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识》等基本规范。
第一类是报告正文必不可少的内容，包括：
①检测机构的信息和联系方式；②受检者的基本信息；③送检机构及医师的信息；④检测样本的信息；⑤样本接收及检测报告的日期；⑥检测项目及检测方法；⑦检测结果：被检出的基因变异；⑧结果解读；⑨建议；⑩检测方法的适用范围和局限性；⑪参考文献；⑫检验报告撰写者、报告结果核对者和报告终审及签发者（亲笔签名或电子签名）。若为第三方检测机构完成的检测，则应在报告中加盖第三方检测机构的“检测报告专用章”。
第二类是可以附录形式呈现的相关信息：如检测中靶基因名称或范围、更为详细的相关疾病临床表型和遗传方式、检测的技术参数、数据质量、变异位点Reads图、Sanger测序图、与疾病临床干预及其他有用的资源信息（包括可参与的临床试验及研究）等。
以慧算基因常见基因报告为例，报告的构成主要分为检测概览、检测结果详细解读、附录三个部分，检测概览部分涵盖了患者的基本信息、检测项目、检测报告小结、重要变异及靶向用药检测结果、质控、基因列表等信息；检测结果详细解读部分涵盖了靶向药物、免疫药物、化疗药物、遗传肿瘤综合征相关的评估结果以及分型及预后等内容；附录部分涵盖了靶向药物列表，当前癌种已纳入医保的肿瘤药物信息、靶向敏感药物详细介绍、PD-1/PD-L1 免疫检查点抑制剂介绍、部分遗传性肿瘤综合征介绍以及部分参考文献等内容。
基本信息
基本信息是报告的第一道关口，包括患者的基本信息、样本的基本信息、送检套餐等内容，基本信息准确是保证一份报告信息准确的前提，根据患者提供的基本信息进行系统录入，依据患者的临床诊断、送检项目进行生信数据分析、知识库注释，诊断信息的明确对后续药物敏感性分析起着重要作用。
肿瘤靶向药物分析主要关注靶点基因变异对药物疗效的影响，包括敏感性、原发性耐药、继发性耐药等。基于高通量测序技术的发展，越来越多的生物标志物被发现，除了常见的靶点基因，药物靶点信号通路上下游基因、信号旁路基因、协同突变基因等均可能影响靶向药物的疗效。目前对于肿瘤靶向用药分析可参考2017年美国医学遗传学与基因组学协会（ACMG）、美国分子病理协会（AMP）、美国病理学协会（CAP）和美国临床肿瘤学会（ASCO）专家组成员联合发布的癌症变异注释及报告标准指南，根据文献报道及工作组专家共识，提议将基因变异与临床相关性证据分为4级。I级和II级变异与肿瘤靶向治疗相关，依据临床证据来源，专家组将I级变异又细分为A、B等级，II级变异细分为C、D等级。
在临床检基因检测的报告中，除了一些与肿瘤发生、发展及用药关系明确的变异之外，往往也会发现报告罗列出“临床意义未明”变异，所谓临床意义未明变异（VUS），就是这些基因变异目前尚未被证实与肿瘤的致病性关系，因此，肿瘤临床意义未明变异并没有相关的用药指导意义，通过VUS突变来指导患者的诊治并不可取。对于变异位点的致病性判断，可能随着研究的不断深入被发现存在更多的致病性证据，从而修订最初的判定。越来越多的临床意义未明变异将改变“身份”，可能被重新分级为致病性或者良性等级，用来辅助医生指导患者的诊治决策。因此，在《临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》中，明确建议，临床意义未明的变异应该同样体现在检测报告中。总而言之，肿瘤患者的临床意义未明变异不应绝对当成“无关过客”，也需要受到临床和受检者的关注，尤其是那些基因检测并未发现明确致病性变异的肿瘤患者。
靶向药物相关标志物评估
本次检测小结是对检测报告的总结，能够一目了然的看到这份报告的检测结果，本次检测到的体细胞变异（Ⅰ类、Ⅱ类）和药物相关其他变异（胚系变异、野生型、复合变异）、靶向药物相关标志物评估汇总、免疫治疗相关标志物评估汇总、其他相关标志物评估汇总，以及相关的解释说明。
关键信息：主要看“ l类变异（具有A级或B级证据）”，“Ⅱ类变异（具有C级或D级证据）”。以上述报告为例，该样本共检出6个体细胞变异、1个胚系变异和1个复合变异，其中Ⅰ类变异为肺癌高频突变EGFR 19外显子插入缺失（c.2239_2248delinsC），且突变丰度较高，达26.67%，该突变为EGFR致敏突变，检出该突变提示患者可能对EGFR-TKI用药敏感（阿法替尼、阿美替尼、埃克替尼、奥希替尼、达可替尼等），报告小结中展示了与该突变相关的A,B级证据的药物，在报告中“具有明确临床意义的变异解读（Ⅰ类变异）”部分展示了和该变异有关的ABCD级全部证据。
突变频率又称“突变丰度”，指的是发生某个突变的肿瘤细胞占所有肿瘤细胞的比例。一般而言，敏感突变的变异频率越高，应答的可能性就越高，用药效果会比较好；变异频率越低，虽然存在敏感突变，但是用药效果可能并不理想。但无论高或低与治疗效果之间都不是简单的线性关系，丰度的高低与样本、检测方式、质控等都有关，即使是同一个患者由于活检取样部位的不同，丰度的高低也会有明显的差别。
当有的靶向药物相关标志物评估的报告中，未能检出I类变异或者Ⅱ类变异等怎么办呢？
其实除了靶向药物相关标志物评估外，我们在做肿瘤基因检测的时候，同样可以提示其他的肿瘤治疗方案。
免疫治疗就是通过重新启动并维持肿瘤-免疫循环，恢复机体正常的抗肿瘤免疫反应，从而控制与清除肿瘤的一种治疗方法。包括单克隆抗体类免疫检查点抑制剂、治疗性抗体、癌症疫苗、细胞治疗和小分子抑制剂等。
免疫治疗相关标志物评估
关键信息：评估免疫治疗有效性主要指标：TMB、PD-L1、MSI、免疫治疗正相关基因变异。以上指标有一项或多项提示可能对 PD-1/PD-L1 免疫检查点抑制剂敏感，则患者可能对治疗敏感。
肿瘤突变负荷（TMB）是指对检测样本进行测序，每 1M 碱基序列中体细胞编码突变的总数。参考值来源于 TCGA（TheCancerGenomeAtlas,癌症基因图集）数据库中当前癌种的平均 TMB 值。体细胞编码突变总数越多，则 TMB 越高，更容易对免疫治疗发生响应。
微卫星不稳定（MSI）是指与正常组织相比，在肿瘤中某一微卫星由于重复单位的插入或缺失而造成的微卫星长度的任何改变，出现新的微卫星等位基因现象。MSI有三种检测结果：MSI-H、MSI-L和MSS，一般来说，MSI-H/dMMR 肿瘤突变多，具有广泛的免疫源性，因而对于 PD-1/PD-L1 抑制剂反应良好。
程序性细胞死亡蛋白1（PD-1）/程序性死亡配体1（PD-L1）是导致肿瘤免疫逃逸的重要免疫检查点分子，阻断PD-1/PD-L1可以重新激活细胞毒性T细胞对肿瘤的杀伤作用，是一种重要的肿瘤免疫治疗方式。PD-L1 表达水平的高低会直接影响到免疫检查点抑制剂治疗效果，通过检测 PD-L1 表达水平可以指导免疫检查点抑制剂的使用。研究证实患者 PD-L1 表达越高，使用免疫治疗获益的程度越大，PD-L1 表达成为指导临床治疗方案选择的有利指标。
大量临床研究结果显示，除了 PD-L1 表达、TMB、MSI 作为筛选免疫药物疗效的有效生物标志物之外，基因突变也会对药物疗效产生影响，部分体细胞突变如 POLE、KRAS、TP53 等突变的患者对免疫药物更敏感，患者生存获益更长，可作为免疫药物疗效正相关生物标志物。
关键信息：评估免疫治疗负相关指标：免疫治疗耐药、免疫治疗超进展。如免疫治疗耐药/超进展相关基因变异检测结果提示对 PD-1/PD-L1 免疫检查点抑制剂耐药或治疗后可能发生快速进展，请结合临床谨慎考虑，并加强监测或随访。
免疫治疗超进展：免疫检查点抑制剂具有良好的抗肿瘤效果，部分肿瘤患者使用后能取得长期的疗效。研究发现，PD-L1 抑制对具有 PD-L1 高表达、较高的肿瘤突变负荷（TMB）或者错配修复基因缺陷的患者疗效更好。但是，临床上也发现一些患者在使用免疫检测点抑制剂后，肿瘤生长和恶化的速度大大加快，表现为肿瘤病情的"超进展"。疾病超进展（HPD）的判定参考以下标准：在治疗后第一次评价时进展，或至治疗失败时间（TTF）< 2 个月；肿瘤体积增加>50%；肿瘤增长速度（TGR）增加>2 倍。
免疫治疗耐药：由于肿瘤细胞上特定基因突变引起通路表达改变，可能导致肿瘤微环境中免疫细胞的浸润以及功能受到抑制，引起对免疫检查点抑制剂产生原发性/继发性耐药。
免疫治疗新抗原：“Neoantigens（新抗原）”就是肿瘤中的突变多肽，在正常组织中不存在。通常情况下，抗原性越强，免疫治疗效果越好。通过评估肿瘤样本中所有突变基因与 MHC分子的亲和力，可以获得肿瘤样本中候选的新抗原，从而制备安全有效的肿瘤特异 T 细胞。
其他相关标志物评估
分型及预后评估：不同分型肿瘤的治疗方式和预后也不尽相同，比如黑色素瘤/脑胶质瘤/成神经管细胞瘤/肾癌/膀胱癌/头颈部肿瘤/输尿管癌的TERT突变，携带TERT基因启动子突变的患者预后较差，总生存期也会受到影响。检测TERT启动子突变可用于评估某些癌症如黑素细胞的恶性潜能或区分某些癌症与其良性病变。另外，对于一些癌症类型来说，如乳头状甲状腺癌，黑色素瘤、胶质瘤和头颈部肿瘤等，TERT启动子突变等（如果同时存在BRAF突变）与预后较差有关。比如甲状腺癌，同时携带BRAF V600E与TERT启动子突变的患者与携带BRAF V600E单突变或TERT启动子单突变患者相比，预后更差，复发风险更高。比如非小细胞肺癌，携带 TP53 基因突变的非小细胞肺癌患者预后较差，与 TP53 野生型患者相比，总生存期明显较短。明确分子分型，能够协助临床医生知道患者后续治疗，有助于最大程度提升治疗效果。
化疗药物评估：不同人群由于其基因的多态性（SNP），使其对化疗药物的疗效和毒副作用会有很大差异。通过对化疗药物相关基因位点多态性进行检测，参考PharmGKB数据库对患者的检测解读详情，分别列出了药物与患者实际检出结果间的用药风险评估和参考证据级别，医生可据此对患者选择合适的化疗药物，减少毒副作用，避免治疗方案的反复调整。
家族性遗传综合征风险评估：某些遗传基因在与多种肿瘤的发生密切相关，由于这些基因的致病性突变导致罹患某些肿瘤的风险大大增加，病理学上称之为遗传性肿瘤综合征。依据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）和国内外各大指南，遗传性肿瘤解读针对基因检出的致病性等级可以分为以下五类：致病性、可能治病性、临床意义未明、良性、可能良性。对于肿瘤患者而言，检出了胚系基因突变，说明该基因是该个体罹患肿瘤的重要遗传因素。而部分胚系突变的患者，在某些条件下，还可以使用疗效显著的靶向药物，比如对铂类敏感的BRCA突变晚期复发转移卵巢癌的患者，可以考虑奥拉帕利等PARP抑制剂。遗传性肿瘤基因检测的重点在于对相关癌症的针对性预防，如果检出致病性突变，那么在针对性预防的同时也需要注意血缘亲属是否同样携带。如果是阴性结果，也不意味着完全高枕无忧，后天的生活习惯、环境因素等也会导致体细胞突变进而导致肿瘤发生。
其他药物治疗方案
报告中还提供针对患者本癌种，获批的多靶点抑制剂、单抗类药物、联合用药方案等，可以为一些没有敏感性突变的患者，在治疗方案的选择上多一些参考。
相关临床试验参考
如果检测出了变异，但是没有已上市的可用的靶向/免疫药的情况下，很多患者或可尝试临床试验的机会，慧算基因的报告的附录里，清晰的列举了符合癌种分类、年龄、性别、基因变异等入组/排他条件的正在进行中的药物临床试验等详细信息，不同临床药物试验的研究目的、试验设计、入组条件、适应症等可能有所不同，患者可以咨询主治医生或者相关专业人士，根据临床试验编号，联系临床试验入组。
